新华制药在品牌建设中，突出强化了其质量特色，以专业手段打造金质品牌。其品牌标志集中体现于新华牌注册商标。新华牌国内商标注册于1951年，是我国最早注册成功的一批商标。新华牌国际商标自2000年起已先后在美国、印尼、秘鲁等国家和地区进行注册。除主商标外，还根据自身产品的特点注册了副商标。目前，该公司拥有商标96件，其中海外商标9件。被国家商务部认定为重点培育和发展的中国出口名牌。
“产品质量关系企业生命，药品质量关系人的生命”的“两个生命”的质量理念在新华制药，已得到全员、全过程的深入贯彻实施。上世纪90年代新华制药是第一批获得国内“优秀质量管理奖”的企业，其先后有23个产品获省部级以上优质产品奖，其中3个产品获国家金质奖，3个产品获国家银质奖，多个产品获山东省名牌产品。2012年其四大主力制剂产品爱菲乐、阿司匹林肠溶缓释片（商品名：介宁）、雷贝拉唑钠、吡哌酸等荣获山东省“知名品牌”。
